Genética bacteriana e resistência: como os genes de resistência nascem, se movem e persistem
Cinco obras abertas (três revisões narrativas e dois estudos primários) sobre o eixo genético da resistência: como ela nasce (intrínseca, mutação, transferência horizontal), como se move (plasmídeos conjugativos, sequências de inserção, transposons, integrons e cassetes) e por que persiste e onde circula (custo do plasmídeo, mutações compensatórias, comensais e ambientes clínicos). Os exemplos vêm de Acinetobacter, Escherichia coli e Salmonella, em isolados e em experimentos de laboratório, e a unidade não ensina dose, conduta nem espectro de nenhum antimicrobiano. Ficam de fora a transformação e a transdução como vias próprias, a química das betalactamases (unidade de farmacologia), a detecção laboratorial e a vigilância.
Material educacional escrito com apoio de IA e conferido por revisão automatizada, sem revisão médica nomeada. Não substitui o livro-texto nem orientação clínica.
Essencial
- O plasmídeo é um elemento genético extracromossômico e autorreplicante; o plasmídeo conjugativo pode carregar genes de resistência, diretamente ou dentro de outros elementos, como sequências de inserção e transposons.
- Para conjugar, o plasmídeo precisa de três componentes: a origem de transferência (oriT), os genes MOB e os genes de formação do par de conjugação (MPF).
- Os genes MOB processam o DNA a transferir; o complexo MPF, uma subfamília de sistema de secreção tipo 4, forma um canal entre as duas células.
- Com as estruturas do par de conjugação presentes, a relaxase corta o DNA do plasmídeo e o guia pelo canal codificado pelos genes MPF.
- Nem todo plasmídeo móvel é conjugativo: o não conjugativo precisa ter oriT e, em geral, uma relaxase, mas depende de um plasmídeo auxiliar que forneça os genes MPF necessários.
- O plasmídeo passa à descendência (vertical) ou a outras bactérias por conjugação (horizontal); os de faixa ampla de hospedeiros replicam em várias bactérias, e os genes de resistência podem ser trocados entre táxons, inclusive patogênicos.
- Os plasmídeos são classificados em grupos de incompatibilidade, que diferem em faixa de hospedeiros, tamanho e mecanismo de transferência. Exemplo: os IncC são grandes, de baixo número de cópias, de faixa ampla e frequentemente têm genes de resistência; em Salmonella foram isolados plasmídeos IncA/C com até 10 genes de resistência, para mais de cinco classes de antibióticos. IncA/C é uma denominação histórica: segundo a revisão, foi confirmado que IncA e IncC são compatíveis e que o termo deve ser abandonado.
- O integron tem um gene de integrase, que catalisa a integração de cassetes circulares num sítio de integração adjacente, o attI.
- Cada cassete de resistência tem um gene sem promotor e um sítio de ligação attC, que recombina com o attI; a transcrição do cassete vem de um promotor na extremidade 5′ do sítio de integração.
- Um mesmo integron pode ter de zero a vários cassetes.
- Sozinho, o integron não é móvel; as classes 1 e 2 foram implicadas na dispersão de genes de resistência, sobretudo em Escherichia coli e outras bactérias entéricas.
- Num estudo observacional com Escherichia coli de fezes de adultos aparentemente saudáveis, na Nigéria e em Gana, o cassete dfrA7 era de um integron de classe 1 em muitos isolados; o sequenciamento completo de um isolado mostrou o dfrA7 num transposon do tipo Tn21 de um plasmídeo de 27 kb, junto de um elemento derivado de IS26 com genes de resistência a betalactâmicos, sulfonamidas e estreptomicina e de genes de resistência ao mercúrio.
- O esqueleto do plasmídeo foi encontrado em poucos isolados trimetoprima-resistentes, e os genes do transposon em mais deles; os autores apontam a transposição como um mecanismo principal de disseminação do dfrA7 nessas amostras, sem generalizar para outras regiões ou espécies.
- Segundo a introdução do estudo de Jonsdottir, o plasmídeo impõe um custo de aptidão (fitness), em geral associado à sua manutenção na célula hospedeira.
- Mutações compensatórias no cromossomo do hospedeiro e no plasmídeo podem aliviar esse custo e ajudar o plasmídeo a persistir na comunidade.
- Mesmo assim, a sobrevivência de longo prazo dos plasmídeos nas comunidades continua intrigante por causa do custo para o hospedeiro (o chamado paradoxo do plasmídeo).
- Segundo Noel (em Acinetobacter), a exposição ao antibiótico pode selecionar positivamente transposons que carregam genes de resistência, o que contribui para a manutenção do transposon no genoma.
- Segundo a introdução do estudo de Jonsdottir, que resume a literatura citada por ele, em biofilme os indivíduos interagem mais com os vizinhos, o que favorece a formação do par de conjugação e a chance de transferência do plasmídeo, e bactérias portadoras de plasmídeo podem salvar células suscetíveis vizinhas por HGT mesmo após a exposição ao antibiótico.
- O experimento in vitro do próprio estudo (plasmídeo RP4, Escherichia coli e Klebsiella pneumoniae, plasmídeos evoluídos em biofilme resgatando células planctônicas) indicou que a coevolução entre as duas espécies pareceu diminuir o potencial de resgate do RP4 e que o plasmídeo evoluído em K. pneumoniae ficou mais específico de hospedeiro; é um estudo de laboratório, que não testa pacientes.
Na clínica
- Resistência intrínseca · Vem de genes que a espécie já tem no cromossomo e de sistemas de efluxo; nada foi adquirido de fora. · Os mecanismos intrínsecos são especificados por genes de ocorrência natural no cromossomo do hospedeiro e por sistemas de efluxo.
- Resistência adquirida por mutação · Uma mutação em genes da própria bactéria pode alterar a proteína-alvo (modificando ou eliminando o sítio de ligação do antibacteriano), aumentar a produção de enzimas que inativam o fármaco, reduzir ou alterar o canal de proteína da membrana externa de que o fármaco precisa para entrar, ou aumentar as bombas que o expulsam da célula. · A mudança está em genes que a bactéria já tinha; a revisão a separa da transferência de determinantes de resistência por transferência horizontal de genes (HGT).
- Resistência adquirida por transferência horizontal de genes · A bactéria recebe determinantes de resistência de outro organismo com o qual não tem relação de ascendência e descendência, e assim, por aquisição, pode acumular resistência a vários antibióticos e se tornar multirresistente. · A HGT troca genes entre organismos que não estão em relação de pais e filhos, e é acelerada por transposons e plasmídeos.
- Exemplo: o alvo do trimetoprima · O trimetoprima inibe a di-hidrofolato redutase (Dfr). A Escherichia coli costuma se tornar resistente adquirindo um dos mais de 30 genes dfr conhecidos, que codificam variantes resistentes da enzima; o alvo resistente pode chegar, portanto, por aquisição de um gene, e não só por mutação. · O estudo de Labar descreve a enzima-alvo resistente por aquisição de um gene dfr; a revisão de Kunhikannan lista a alteração do alvo entre os efeitos das mutações.
- Peso relativo das vias de transferência · Das três vias de HGT (transdução por bacteriófago, transformação por DNA livre e conjugação por plasmídeo), segundo a revisão a transformação raramente ocorre entre espécies para genes de resistência, e a conjugação com elementos móveis (transposons e plasmídeos) é a mais eficiente e importante para a disseminação. Transdução e transformação não são ensinadas aqui como mecanismos. · A HGT é acelerada por transposons e plasmídeos, que são os elementos móveis dos blocos seguintes.
- Sequência de inserção (IS) · É o elemento móvel mais simples e menor (cerca de 1 kb): repetições terminais invertidas geralmente flanqueando uma ou duas fases de leitura que codificam a transposase. Pode promover resistência sem codificar gene de resistência. · A transposase é responsável pela excisão e integração do elemento no genoma; os efeitos da IS, como mudar a expressão de genes vizinhos, não exigem que ela carregue gene de resistência.
- Transposon · Estrutura parecida com a da IS, mas com genes-carga adicionais, que podem incluir genes de resistência. Um gene de resistência no cromossomo ou num plasmídeo pode ser capturado por um transposon e mobilizado para novos sítios do genoma ou para bactérias receptoras. · O transposon se mobiliza como a IS, por transposases que reconhecem as repetições terminais do elemento.
- Transposon composto · IS completas atuam como repetições terminais e flanqueiam os genes-carga; acredita-se que contribuam para a disseminação intermolecular de genes de resistência, inclusive a mobilização entre o genoma e plasmídeos conjugativos. · Em Acinetobacter, a maioria dos transposons encontrados com genes de resistência é composta, formada por IS.
- Integron e cassete · O integron tem uma plataforma conservada (gene intI de uma tirosina recombinase, sítio attI e promotor Pc) em que se integram cassetes; cada cassete é uma fase de leitura sem promotor mais um sítio de recombinação attC. A plataforma estável sozinha não é móvel e só se torna móvel associada a transposons. A classe 1 é a clinicamente mais relevante. · A integrase integra os genes no sítio attI, perto do promotor Pc, que comanda a expressão dos genes-carga.
- Elementos aninhados · IS, transposons ou integrons presentes em plasmídeos conjugativos: a transferência horizontal passa vários elementos ao mesmo tempo. · Elementos aninhados costumam ser capazes de mobilização e, por isso, contribuem para a disseminação da resistência.
- IS à montante de um gene de betalactamase (Acinetobacter baumannii) · O gene bla pode estar presente e a bactéria continuar sem resistência clínica: numa coleção de clones de surto, só os com ISAba1 à montante do blaOXA-69/OXA-51 produziram enzima suficiente para resistir ao carbapenêmico. · Muitas ISAba codificam promotores fortes, voltados para fora, necessários para a expressão suficiente das betalactamases; a presença do gene bla muitas vezes não basta.
- IS que interrompe um gene · A inserção em proteínas de membrana ou de secreção de que o antibiótico precisa para entrar na célula é um mecanismo comum de resistência por IS; a interrupção de porinas causa resistência ampla a antimicrobianos. · As porinas fazem difusão passiva e inespecífica, e por isso a perda delas não atinge um só fármaco.
- Bactéria pouco patogênica como origem do gene · O gene blaOXA-23 teria se originado em Acinetobacter radioresistens, e, em Acinetobacter baumannii só contribui de forma importante para a resistência ao carbapenêmico quando ativado por IS adjacentes; esse exemplo mostra que bactérias tipicamente não patogênicas podem contribuir para a resistência e para sua disseminação por elementos móveis. · Em A. radioresistens, a transposição da IS nativa ISAcra1 para a montante do blaOXA-23 conferiu resistência ao carbapenêmico em isolados clínicos, num estudo citado pela revisão.
- Bactérias comensais do intestino humano · Há evidência de transferência de genes de resistência entre bactérias comensais e patógenos no intestino humano. · Os comensais são importantes contribuintes para o conjunto de genes de resistência do ambiente.
- Ambientes clínicos · Hospitais têm o maior consumo de antimicrobianos e são considerados focos (hotspots) de resistência. · Uma revisão citada por Kunhikannan (Lerminiaux e Cameron) concluiu que a conjugação é o principal modo de HGT nos ambientes clínicos.
- Concentração de antibiótico (dado de laboratório) · Mesmo concentrações mínimas de antibiótico bastam para selecionar bactérias altamente resistentes. · O achado foi demonstrado em condições de laboratório e aparece, na revisão, no contexto de água, solo e sedimentos.
- Bactérias ambientais como origem de genes · Estudos citados pela revisão apontam que genes clinicamente relevantes, como blaCTX-M, qnrA e blaNDM, se originaram em bactérias ambientais (Kluyvera, Shewanella algae e Erythrobacter litoralis, respectivamente). · A resistência é transferível entre bactérias do solo e patógenos, tanto do ambiente para a clínica quanto o contrário, segundo a revisão.
Teste-se antes de seguir
Uma cepa de Escherichia coli se mostra resistente a um antibiótico. De que duas maneiras gerais a bactéria pode ter adquirido essa resistência?
A resposta fica na Avaliação, sem spoiler aqui.
Responder na AvaliaçãoFontes (5)
- Kunhikannan S, Thomas CJ, Franks AE, Mahadevaiah S, Kumar S, Petrovski S. Environmental hotspots for antibiotic resistance genes. Microbiologyopen. 2021;10(3):e1197.
The mechanism for bacteria developing resistance is acquired through gene mutation or horizontal gene transfer.
- Labar AS, Millman JS, Ruebush E, Opintan JA, Bishar RA, Aboderin AO, et al. Regional dissemination of a trimethoprim-resistance gene cassette via a successful transposable element. PLoS One. 2012;7(5):e38142.
Trimethoprim inhibits the enzyme dihydrofolate reductase (Dfr). E. coli is most commonly becomes resistant
- Jonsdottir I, Given C, Penttinen R, Jalasvuori M. Preceding Host History of Conjugative Resistance Plasmids Affects Intra- and Interspecific Transfer Potential from Biofilm. mSphere. 2023;8(3):e0010723.
Plasmids are self-replicating extrachromosomal genetic elements of bacteria.
- Noel HR, Petrey JR, Palmer LD. Mobile genetic elements in Acinetobacter antibiotic-resistance acquisition and dissemination. Ann N Y Acad Sci. 2022;1518(1):166-182.
Conjugative plasmids often carry cargo genes that encode antibiotic resistance directly or within other elements, such as IS elements or transposons.
- McMillan EA, Jackson CR, Frye JG. Transferable Plasmids of Salmonella enterica Associated With Antibiotic Resistance Genes. Front Microbiol. 2020;11:562181.
Conjugative plasmids are self-transmissible, giving them the potential to increase the spread of AR genes.
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